Năm 26 tuổi, ông từ bỏ chốn quan trường trở về quê mẹ ở xứ Bàu Thượng, xã Tình Diệm, huyện Hương Sơn (nay là xã Quang Diệm, huyện Hương Sơn, Tỉnh Hà Tĩnh). Ông qua đời tại quê mẹ vào ngày rằm tháng Giêng năm Tân Hợi (1791).

Ông là người thầy thuốc có học vấn uyên thâm, y thuật cao minh, là nhà y dược học nổi tiếng, nhà thơ, nhà vǎn tài hoa, có lòng nhân ái sâu sắc.

Hơn 40 năm tận tụy chữa bệnh, cứu người và nghiên cứu y học, ông đã bỏ công sức và tâm huyết để biên soạn bộ sách Hải Thượng y tông tâm lĩnh, gồm 28 tập, 66 quyển, tổng kết tinh hoa của y học Trung Quốc và y học dân tộc Việt Nam. Bộ sách này gồm đủ các môn: Lý, pháp, phương, dược, nội khoa, ngoại khoa, phụ khoa, sản khoa, nhi khoa, đậu sởi, nhãn khoa, thương khoa, cấp cứu, tạp bệnh, dưỡng sinh… cho đến cách nấu nướng để bảo vệ sức khoẻ (Nữ công thắng lãm), sự vận hành của thời tiết, sự biến đổi của khí hậu (Vận khí bí điển)...

Danh y Lê Hữu Trác đã thừa kế học thuật của danh y Tuệ Tĩnh, sưu tầm và phát hiện hơn 300 vị thuốc nam (Lĩnh Nam bản thảo), đồng thời tổng hợp thêm 2.854 phương thuốc kinh nghiệm phổ biến cho nhân dân áp dụng (Hành giản trân nhu và Bách gia trân tàng). Ông cũng đã có nhiều sáng tạo trong việc vận dụng lý luận y học cổ truyền Trung Quốc vào thực tiễn Việt Nam.

Điều đáng trân trọng ở Danh y Lê Hữu Trác là ông đặc biệt chú trọng đến y đức của người thầy thuốc. Ông cho rằng: “Đạo làm thuốc là một nhân thuật chuyên bảo vệ sinh mạng con người, phải lo cái lo của người, vui cái vui của người, chỉ lấy việc cứu sống mạng người làm nhiệm vụ của mình, không nên cầu lợi kể công”.

Hải Thượng Lãn Ông nêu ra 8 đức tính mà người thầy thuốc chân chính cần tuân thủ: “Nhân-Minh-Đức-Trí-Lượng-Thành-Khiêm-Cần” (tức là nhân ái, sáng suốt, đức độ, hiểu biết, rộng lượng, thành thực, khiêm tốn, cần cù); Đồng thời cũng đưa ra 8 tội mà người thầy thuốc cần tránh: lười biếng, keo kiệt, tham lam, dối trá, dốt nát, bất nhân, hẹp hòi, thất đức:

1/ Có bệnh xem xét đã rồi mới cho thuốc, vì ngại đêm mưa vất vả không chịu thǎm mà đã cho phương, đó là tội lười.

2/ Có bệnh cần dùng thứ thuốc nào đó mới cứu được nhưng sợ con bệnh nghèo túng không trả được vốn nên chỉ cho thuốc rẻ tiền, đó là tội bủn xỉn.

3/ Khi thấy bệnh chết đã rõ, không bảo thực lại nói lơ mơ để làm tiền, đó là tội tham lam.

4/ Thấy bệnh dễ chữa nói dối là khó chữa, dọa người ta sợ để lấy nhiều tiền, đó là tội lừa dối.

5/ Thấy bệnh khó đáng lẽ nói thực rồi hết lòng cứu chữa nhưng lại sợ mang tiếng không biết thuốc, vả lại chưa chắc chắn đã thành công, không được hậu tạ, nên không chịu chữa, đến nỗi người ta bó tay chịu chết, đó là tội bất nhân.

6/ Có trường hợp người bệnh ngày thường có bất bình với mình khi mắc bệnh phải nhờ đến mình liền nghĩ ra ý nghĩ oán thù không chịu chữa hết lòng, đó là tội hẹp hòi.

7/ Thấy kẻ mồ côi goá bụa, người hiền, con hiếm mà nghèo đói ốm đau cho là chữa mất công vô ích không chịu hết lòng, đó là tội thất đức.

8/ Lại như xét bệnh còn lơ mơ, sức học còn non đã cho thuốc chữa bệnh, đó là tội dốt nát.

Trong sách Y huấn cách ngôn, Đại danh y Lê Hữu Trác đã đề ra những điều để khuyên răn người thầy thuốc, cho đến nay vẫn còn nguyên giá trị :

- Khi có nhiều người mời đi thǎm bệnh, nên tùy bệnh cấp hay không mà sắp xếp tới thǎm trước hay sau. Chớ nên vì giàu sang hay nghèo hèn mà nơi đến trước, chỗ tới sau; hoặc trong lúc bốc thuốc lại còn phân biệt kẻ hơn người kém. Nêu lòng không thành thực, thì khó có công hiệu của sự cảm ứng.

- Khi đến thăm bệnh cho người nghéo túng hay những người mồ côi, góa bụa, cô quạnh, càng nên chǎm sóc đặc biệt. Bởi vì những người giàu sang thì lo gì không có người chăm sóc, chữa trị; còn người nghèo hèn thì không đủ sức đón được danh y, vậy thì ta chẳng ngại đem chút lòng thành để giúp người giành lại cuộc sống. Còn như những người con thảo, vợ hiền, vì quá nghèo mà mắc bệnh, thì ngoài việc cho thuốc rồi, còn tùy khả năng của mình mà giúp đỡ thêm. Bởi lẽ nếu có thuốc mà không có ǎn, thì họ cũng sẽ đi đến chỗ chết. Mình nên lưu tâm một chút, giúp cho họ được sống trọn vẹn một đời, mới là nhân thuật.

- Khi chữa bệnh cho ai khỏi rồi, chớ có mưu cầu lễ hậu. Bởi vì khi nhận quà biếu của người khác, thường hay sinh ra nể nang; huống hồ những kẻ giàu sang, tính khí mừng giận thất thường, mà mình cầu cạnh thường hay bị khinh rẻ. Còn việc lấy lòng người ta để cầu lợi, thường hay sinh chuyện không lành. Cho nên đã tự nguyện theo nghề thuốc, là nghề thanh cao, ta càng phải giữ khí tiết cho trong sạch.

- Khi thăm bệnh cho phụ nữ hoặc người nữ tu, phụ nữ góa chồng, cần phải có người khác kèm bên cạnh, rồi mới vào buồng xem bệnh, để tránh điều ngờ vực. Đối với những người kỹ nữ, cũng phải giữ lòng cho ngay thẳng, coi họ cũng như con em trong những gia đình khác, không được cợt nhã, để phải mang lấy tiếng bất chính và mắc phải quả báo của sự tà dâm.

- Đã làm thầy thuốc, nên nghĩ tới lợi ích của người là trên hết, không nên vì mãi ham vui chơi mà phụ lòng trông mong của người bệnh.

- Cần phải có trách nhiệm của mình trong công việc. Phải cố gắng nâng cao trình độ chuyên môn của mình bằng cách học tập thật nhiều, để thấu hiểu được một cách sâu xa các môn lý luận, pháp trị, phương thang, thuốc trị, cùng cách chế biến thuốc cho phù hợp với bệnh tình. Chớ nên cẩu thả tùy tiện phối hợp những phương thuốc lạ, dùng để thử người.

- Đối với người đồng nghiệp, phải biết khiêm cung, hòa nhã, thận trọng trong cách cư xử. Giữ lòng đức hậu như vậy, mới mong tạo ra điều phúc.

Trong tác phẩm Hải Thượng y tông tâm lĩnh, Đại danh y Lê Hữu Trác viết:

- “Thường thấy kẻ làm thuốc, hoặc nhân bệnh cha mẹ người ta ngặt nghèo, hoặc bắt bí người ta lúc đêm tối, trời mưa, có bệnh nguy cấp; bệnh dễ chữa bảo là khó chữa, bệnh khó chữa bảo là không chữa được, giở lối quỉ quyệt ấy nhằm thoả mãn yêu cầu, rắp tâm như thế là bất lương. Chữa cho nhà giàu sang, thì tỏ tính sốt sắng, mong được lợi nhiều, chữa cho nhà nghèo hèn thì ra ý lạnh nhạt, sống chết mặc bay. Than ôi, đem nhân thuật làm chước dối lừa, đem lòng nhân đổi ra lòng buôn bán. Như thế thì người sống trách móc, người chết oán hờn không thể tha thứ được...”.

- “Nghề làm thuốc là nhân thuật, thầy thuốc hẳn phải lấy việc giúp người làm điều hay. Cứu được một người thì khoa chân, múa tay (cho mọi người biết) nhỡ có thất bại thì giấu đi. Thường người ta hay giấu các điều xấu của mình mà không đem sự thực nói với người khác. Riêng tôi dám nói là thoát khỏi những thói đó chǎng, là vì tôi không theo con đường khoa cử nối dõi nghiệp nhà, chuyển hướng ra làm thuốc nên chỉ muốn hết sức làm những việc đáng làm, may ra khỏi hổ thẹn với đất trời, đâu dám e ngại sự chê khen, để phải hối hận với bổn phận...”.

- “Nghĩ thật sâu xa, tôi hiểu rằng thầy thuốc là người bảo vệ sinh mạng con người. Sống chết trong tay mình nắm, họa phúc trong tay mình giữ. Thế thì đâu có thể kiến thức không đầy đủ, đức hạnh không trọn vẹn, tâm hồn không rộng lớn, hành động không thận trọng mà làm liều lĩnh học đòi cái nghề cao quí đó chǎng".

Danh y Lê Hữu Trác làm thuốc với tâm nguyện : "Trường nguyện thế nhân giai vô bệnh - Ngâm thi chước tửu dã y nhàn". ( Dịch nghĩa: Mong sao người đời không ai mắc bệnh tật gì, để người thầy thuốc được thảnh thơi ngâm thơ uống rượu với tri âm tri kỷ).

và ông cho rằng "Đạo làm thuốc là một nhân thuật chuyên bảo vệ sinh mạng con người, phải lo cái lo của người, vui cái vui của người, chỉ lấy việc cứu sống mạng người làm nhiệm vụ của mình, không nên cầu lợi kể công".

Cuộc đời của Đại y tôn Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác là hình ảnh cao đẹp của người thầy thuốc với kiến thức uyên thâm, tinh thần trách nhiệm cao cả, đức hy sinh, nhẫn nại, tận tâm, lòng thương yêu người bệnh vô bờ bến. Ông thật xứng đáng là người đã dựng “ngọn cờ đỏ thắm” trong nền y học nước nhà, là tấm gương sáng về y đức - y đạo - y thuật cho muôn đời sau noi theo.